学校有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等11个学科门类。其中，化学、材料科学、临床医学、药理学与毒理学进入全球1‰。在QS世界学科排名中，复旦有29个学科位列世界前100，总量在国内排名第三；五大学科门类均位居全球前100位，在中国大陆地区仅二所高校跻身此列。
拥有中国科学院、中国工程院院士（含双聘）51人，文科杰出教授1人，文科资深教授13人，国家杰出青年科学基金118人，国家各类重要青年人才计划入选者301人次。国家重点实验室5个，国家数学中心1个，国家教材建设重点研究基地1个，国家临床医学研究中心2个，国家制造业创新中心1个，教育部工程研究中心7个，教育部重点实验室14个，卫健委重点实验室9个，总后勤保障部卫生部重点实验室1个，上海市重点实验室15个，上海市工程研究中心11个。
应用表面物理国家重点实验室发明专利https://surface.fudan.edu.cn/11847/list.htm
聚合物分子工程国家重点实验室发明专利https://meplab.fudan.edu.cn/24137/list.htm